Schiphol hanteert een beleid waarbij de variabele beloning wordt opgedeeld in een korte- en lange termijndeel. Dit omdat het bedrijf niet beursgenoteerd is en dus geen lange termijnbeloningen in de vorm van aandelen of opties kan uitkeren.

In de vergoedingen over het afgelopen jaar zit een voorwaardelijk deel van 88.485 euro wat pas volgend jaar en het jaar erop uitgekeerd wordt, als aan bepaalde voorwaarden is voldaan. Nijhuis kreeg door die constructie vorig jaar per saldo 538.642 euro bijgeschreven op zijn rekening; 3 procent minder dan in 2009.

In het najaar van 2010 is op initiatief van het ministerie van Financiën (de Staat is meerderheidsaandeelhouder in Schiphol) onderzoek gedaan naar de beloningen van de Schiphol-directie in relatie tot vergelijkbare functies. In het bijzonder naar de vergoeding voor de topman. Daar kwam uit naar voren dat Schiphol internationaal gezien achterloopt. Toch wordt omwille van de ‘publieke en politieke opinie’ voor nieuwe bestuurders een soberder beloningsbeleid voorgesteld.